虽然水蛭看起来很简单，但是它的消化与排泄系统却并不简单，通过解剖可以看出来，水蛭的消化系统是由口、口腔、咽、食道、肠、直肠和肛门等8部分组成。水蛭的最前头就是口，这是由几节体节共同组成的，口的附近有前吸盘，通过吸盘的吸引，水蛭能附着且固定在目标上，为后面的行为打下基础。我们通常养殖的水蛭是没有吻部的，紧随着口的就是一个口腔，在口腔内具有3个呈倒三角形排列的颚，在颚的旁边有一排尖锐的细齿，因此水蛭在吸血后悔在寄主皮肤上留下“Y”形切口。这个切口就是细齿的功劳。口腔后就是咽部了，水蛭的咽是肌肉质，在它的咽壁周围有发达的肌肉，通过肌肉的运动来达到吸血的目的。有研究表明，水蛭的咽部肌肉在吸血时就像一台小水泵，通过肌肉有力且有规律的运动，寄主的血液就源源不断地被抽吸到水蛭的体腔中。由于人、畜的血液中有一种自我保护的能力，也就是说血液会凝结，为了阻止血液的凝结，便于抽吸血液，水蛭的咽壁周围还有单细胞的唾液腺，这个唾液腺可是大名鼎鼎的，因为它可以分泌抗凝血素，也叫水蛭素，这种水蛭素也正是它最值钱的东西，水蛭把水蛭素注入伤口处，这时伤口处血液就不再凝固了，水蛭也就可以随心所欲地吸血了，因此有许多人都称水蛭是“吸血鬼”。水蛭的咽后部就是一条极短的食道，这是被抽取的血液进入后面体腔中必备通道。紧跟着食道后面的是胃或嗉囊，对鱼一些捕食性的水蛭来说，食道后面的就是胃，这种胃也比较简单，它就是一个简单的直管而已，是将食物运送到后面肠子的过渡阶段。而对大部分以吸血为生的水蛭来说，他们的胃就演变成了又1~11对侧盲囊的嗉囊，这些侧盲囊长短不一，其中最后1对侧盲囊是最长的，它可以直达身体后端。值得注意的是嗉囊的主要功能并不是消化食物，而是作为一个仓库使用，水蛭用它来储存吸食的血液，正是由于这种巨大的仓库，当会随之每次吸血后，它的吸血量都能达到它自身体重的5倍左右。　无论是捕食的还是吸食的水蛭，所有事物进行消化的主要场所就是肠，水蛭的肠是位于胃(或嗉囊)之后。在嗉囊中的食物经过储存后，再进入肠子的过程中，食物中的水分就会通过肾排出体外，而留下的就是去水的食物。这些食物就会子啊肠子里被消化，和所有的动物一样，消化食物时是需要消化酶的，水蛭的消化道也有消化酶，目前发现的消化酶主要是肽链外切酶，而其他环节动物中常见的定粉酶、脂肪酶及肽链内切酶却很少有，正因为这些没的缺失，导致了水蛭在吸食血液后消化十分缓慢，所以也不会饿死，对于部分水蛭如日本医蛭，它可以在1年半左右的时间里不取食，也不会饿死。