一个物种的基因组测序完成后，需要对基因组进行结构预测，首先要先找到这些序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析。gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式。

GFF(generalfeatureformat)：这种格式主要是用来注释基因组。现大部分利用的是第三版，即gff3。GTF(genetransferformat)：主要是用来对基因进行注释。当前所广泛使用的gtf格式为第二版，即gtf2。

gff和gtf格式基本类似，共有9列，如下：

chr1Gnomonexon.-.transcript_id"rna1";gene_id"gene0";gene_name"LOC";chr1Gnomonexon.-.transcript_id"rna1";gene_id"gene0";gene_name"LOC";chr1Gnomonexon.-.transcript_id"rna1";gene_id"gene0";gene_name"LOC";chr1Gnomonexon.-.transcript_id"rna1";gene_id"gene0";gene_name"LOC";chr1Gnomonexon.-.transcript_id"rna1";gene_id"gene0";gene_name"LOC";chr1Gnomonexon.-.transcript_id"rna1";gene_id"gene0";gene_name"LOC";chr1Gnomonexon.-.transcript_id"rna1";gene_id"gene0";gene_name"LOC";chr1Gnomonexon.-.transcript_id"rna1";gene_id"gene0";gene_name"LOC";chr1Gnomonexon.-.transcript_id"rna1";gene_id"gene0";gene_name"LOC";chr1Gnomonexon.-.transcript_id"rna1";gene_id"gene0";gene_name"LOC";

其中：

1)seqid：序列的id。(Thenameofthesequencewherethefeatureislocated.)2）source：注释的来源，一般指明产生此gff3文件的软件或方法(e.g.AugustusorRepeatMasker)。如果未知，则用点（.）代替。3）type：类型，此处不受约束，但为下游分析方便，建议使用gene，repeat_region，exon，CDS，或SO对应编号等。4）start：起始位置，从1开始计数（区别于bed文件从0开始计数）。5）end：终止位置。6）score：得分，注释信息可能性说明，可以是序列相似性比对时的E-values值或者基因预测是的P-values值。”.”表示为空。(indicatestheconfidenceofthesourceontheannotatedfeature)7）strand：“＋”表示正链，“－”表示负链，“.”表示不需要指定正负链，“?”表示未知.8）phase：步进。仅对编码蛋白质的CDS有效，本列指定下一个密码子开始的位置。可以是0、1或2，表示到达下一个密码子需要跳过碱基个数。9）attributes：属性。一个包含众多属性的列表，格式为“标签＝值”（tag=value），不同属性之间以分号相隔。

主要是第9列，gff以=为分格，而gtf为空格为分格，一般来说gff可以储存基因组的所有格式信息，而gtf仅保存转录相关的信息。